En Mendavia conviven dos espacios biogeográficos distintos: uno de carácter ripícola (Ebro), que se caracteriza por la existencia de una variada fauna y flora en Sotos muy degradados y en gran parte reconvertidos en choperas, del que el de Magacha es el ejemplo más significativo, y otro con características comunes con la región mediterránea continental y seca.

En la cuenca del Ebro, el grupo florístico más importante es el formado por las especies mediterráneas, adaptadas a la sequedad estival: espliego, tomillo, coscoja, etc. A excepción de las orillas del río Ebro, no existen, en la práctica, zonas boscosas debido a la transformación en campos de cultivo y el escaso valor de las pendientes medias.

El paisaje de Mendavia está lleno de contrastes: por un lado, el Soto de Magacha, a orillas del Ebro, con auténtico bosque Ribereño de grandes ríos (Barbos, Carpa, Culebra de collar, Ruiseñor, Zarcero común Abejarucos, Autillo, Milanos. Chopos, Fresnos, Carrizos, Álamos, etc) y por otro lado zonas esteparios en lo más alejado de los ríos (Pino carrasco, Romero, Liebre, Zorro, Víbora áspid, Águila culebrera, Lagartos, etc).