De tres naves separadas por arcos apuntados, la central con tres tramos y los laterales con dos, con cabecera poligonal y cubierto por bóvedas estrelladas (con la excepción de la sacristía). Construida en el siglo XIII, ha sufrido notables modificaciones con el paso del tiempo, de las que destacan las realizadas en el siglo XVII con la construcción de la nueva sacristía y la ornamentación de las portadas, y las realizadas en el siglo XVIII por Santos A. Ochandategui con el levantamiento de una nueva torre de estilo neogótico, considerada una de las más importantes de Navarra.

Retablo mayor de la iglesia: Fechado en 1548 y atribuido a Francisco Jiménez, maese Metelin y maese Jacques Tomás. Su estructura es renacentista, adornada por una decoración plateresca y está compuesta por un banco sobre el que se yerguen tres pisos divididos en tres calles con cuatro entrecalles y ático. Sus esculturas narran escenas de la vida de San Juan.

Coro: Se localiza en el coro alto una sillería manierista de mediados del siglo XVII compuesta por 19 asientos. Al XIX pertenece el órgano neoclásico, ya que el primitivo que realizó Jacinto del Río, vecino de Corella, en 1665, no se conserva.

Antesacristía: Se encuentra en el tránsito a la sacristía un gran armario empotrado cuyas puertas de madera ostentan una rica decoración barroca de hacia 1700, a base de temas geométricos y vegetales; en el interior de los grandes polígonos mixtilíneos se repite un jarrón con flores.

Sacristía: Preside esta dependencia el pequeño retablo del Crucificado formado por elementos de procedencia diversa. El grueso de la traza presenta una estructura manierista de comienzos del siglo XVII. El relieve de la Epifanía recuerda al retablo mayor del templo y forma conjunto con el relieve del Nacimiento, que se guarda hoy día en el Museo Diocesano de Pamplona.