Mendavia se ubica al sudoeste de Navarra en el valle del río Ebro, río que, como frontera natural, limita su término municipal en su parte sur -sudeste con la vecina comunidad de La Rioja (términos municipales de Agoncillo, Arrúbal y Alcanadre). En la zona navarra, el término municipal está limitado por los municipios de Viana, Lazagurría, Sesma, Bargota y Los Arcos.

El término municipal, con una superficie de 78 Km², está físicamente dividido en dos zonas de similar superficie pero de características muy diferenciadas: una llana y aluvial al sur formada por terrazas bajas del Ebro, y otra más accidentada al norte que culmina a 538 metros en el término de La Planilla.

Domina la Villa la gran mole de la parroquia bajo la advocación de San Juan Bautista, situada en alto, y se localizaba también en el casco urbano la iglesia de San Andrés, ya desaparecida. Próximas al Ebro se emplazan las granjas de Legarda e Imaz (o Imas), aquélla con una interesante ermita y ésta con un recinto murado que incluye palacio y capilla dedicada a San Martín. Asimismo se localizan en término de Mendavia restos de la ermita de la Virgen de Beraza en el lugar conocido como corral de Beraza, a unos dos kilómetros al norte de la villa y también se conoce la existencia de una antigua ermita de San Bartolomé de la que sólo se conserva como nombre de término, igual que el despoblado de Villamezquina que ya se menciona en el Becerro de Irache.

EL EBRO: ESPACIO MULTIFUNCIONAL

La influencia del río Ebro en Mendavia va más allá de lo puramente orográfico, biogeográfico y climático, por lo que se considera conveniente reflejar los siguientes aspectos:

• Vía de comunicación: la depresión del valle del Ebro es una vía de comunicación natural fundamental, empleada por gran parte de los pueblos y culturas que han llegado a Navarra, lo que en sí mismo refleja un potencial dinamismo. Frontera natural que perderá ese carácter para tener la consideración de lugar de comunicación con la ejecución del puente para la autovía de conexión de Pamplona con Logroño.
• Antigua fuente de recursos de pesca hoy muy reducidos, que se han recuperado con carácter lúdico, y base de la agricultura de regadío que sigue teniendo un peso específico fundamental en la economía de la localidad.
• Carácter tradicional de espacio lúdico y de recreo como un lugar tradicional de esparcimiento y ocio de fin semana, que dio lugar a una cierta «colonización» de los comunales con casetas. Medio ambiental y ecológico.
• Simbólico, como lo constata su presencia en el escudo de Mendavia o la existencia de relatos populares y piadosos cuyo escenario transcurre en ese río.